Baumgartner war Projektleiter der Historikerkommission zur Aufarbeitung der Nazi-Verbrechen an österreichischen Juden und österreichischen Roma, erforschte mit burgenländischen Roma den Nazi-Genozid an ihrer Volksgruppe und leitete in den vergangenen Jahren das Dokumentationsarchiv österreichischer Widerstand. Baumgartner dokumentierte mit Herbert Brettl die Zerstörung der Roma-Dörfer im Burgenland, „Einfach weg!“. Baumgartner erforschte die Vergangenheit der Roma, begleitete sie auf ihrem Weg in die Emanzipation. Die Roma sind im Burgenland – und auch anderswo in Österreich – Teil der österreichischen Gesellschaft geworden.